До кардинальних змін в діагностиці мікотоксикозів, ефективності застосування сорбентів та засобів біотрансформації МТ веде вимірювання біомаркерів (БМ) МТ у біологічних матрицях тварин (крові, жовчі, сечі, фекаліях або тканинах), що дає змогу оцінити вплив МТ безпосередньо на тварину. Класифікують дві категорії БМ МТ: (а) БМ на основі біохімічних процесів, прикладом яких є вплив фумонізинів на співвідношення сфінганіну до сфінгозину в печінці і (б) БМ на основі вимірювання самого МТ та/або його метаболітів у біологічних матрицях, наприклад, афлатоксину M1 у молоці або в курячому яйці. Для адекватної інтерпретації результатів аналізу БМ МТ необхідне встановлення їх контрольних значень.